'Ratchet und Clank: A Crack in Time' setzt die Ereignisse fort, die in den beiden vorangegangenen Teilen 'Tools of Destruction' und 'Quest for Booty' ihren Lauf nahmen. Gleichzeitig findet der Spieler Antworten auf einige der größten Fragen, die sich Fans der Reihe gestellt hatten. Als Ratchet herausfindet, dass Dr. Nefarious hinter dem Verschwinden des liebenswerten Roboters Clank steckt, eilt er den Schraubenschlüssel schwingend zur Rettung seines besten Freundes. Im Laufe ihres Abenteuers entdecken die beiden endlich die Wahrheit über ihre mysteriöse Herkunft und erfahren gleichzeitig, wozu sie letzten Endes bestimmt sind. Und während sich das Wiedersehen des Duos immer weiter nähert, müssen sich die beiden die größte aller Fragen stellen: Sind die Schicksale von Ratchet und Clank untrennbar miteinander verbunden? Oder ist es an der Zeit, dass das großartigste Duo des Universums ein für alle Mal getrennte Wege geht...?